Działalność pastoralna Koinonii Jan Chrzciciel opiera się na trzech zasadniczych filarach, nazywanych w skrócie KeKaKo, od słów ,,kerigma”, „karisma”, „koinonia”.
Pierwszym filarem jest bezpośrednie przepowiadanie kerygmatyczne i formowanie ewangelizatorów w szkołach ewangelizacji. Drugim filarem jest promowanie spotkań ewangelizacyjnych i formowanie członków Wspólnot Rodzinnych do pełnienia rozmaitych posług o charakterze charyzmatycznym. Trzeci filar to budowanie wspólnot, żyjących w atmosferze przyjaźni i doświadczenia spotkania z Chrystusem zmartwychwstałym, na modlitwie i we wzajemnym dzieleniu się życiem.
Wszelka działalność pastoralna Koinonii wpisuje się aktywnie w duszpasterstwo prowadzone przez lokalne struktury kościelne, wnosząc charakterystyczny dla niej wkład w realizację planów pastoralnych, formułowanych przez te struktury.
Działalność pastoralna wspólnoty sprowadza się do 4 ważnych elementów, którymi są:
- DOM MODLITWY
Dom Modlitwy to cotygodniowe spotkania ewangelizacyjne w małych grupach, odbywające się w domach członków Koinonii, polegające na wspólnej modlitwie, czytaniu słowa Bożego i świadectwie spotkania z Jezusem.
- WSPOLNOTY RODZINNE
Spotkania Wspólnot Rodzinnych, zwane Agapitami (gr. agape – przyjacielska miłość), odbywają się raz w miesiącu w domach rodzinnych i gromadzą zadeklarowanych członków Koinonii mieszkających w pobliżu siebie. Mają charakter formacyjny i oparte są na modlitwie (także wstawienniczej), nauczaniu i braterskiej agapie. Nazwa spotkania „agapito” odnosi się do więzi przyjaźni, leżących u podstaw istnienia Koinonii Jan Chrzciciel.
- KOINONIA
Spotkanie Koinonii odbywa się co miesiąc i gromadzi zadeklarowanych członków lokalnej wspólnoty. Służy wzrostowi duchowemu, pogłębieniu więzi wspólnotowej i formacji ewangelizacyjnej.
- POSŁUGI
Zadaniem poszczególnych posług we wspólnotach jest realizacją konkretnych zadań, jak np. organizacja i prowadzenie spotkań ewangelizacyjnych (np. diakonia muzyczna), formacyjnych (np. szkoła nowej ewangelizacji), dla dzieci, młodzieży, małżeństw, osób konsekrowanych i innych grup. Posługi te Koinonia pełni zarówno w odniesieniu do własnych członków (np. modlitwa wstawiennicza), jak i na zewnątrz (np. modlitwa wstawiennicza i posługa ewangelizacji), odpowiadając na zapotrzebowania lokalnych struktur kościelnych (np. projekt EWOLUCJA a STWORZENIE), a także wobec osób spoza Kościoła (np. projekt WYPEŁNIENIE).